Esnek olmayan lehim bağlantıları
BGA kılıfların bir dezavantajı, bu kılıflarda kullanılan lehim toplarının doğası gereği uzun bacaklara sahip olan kuzenlerinin  sahip olduğu mekanik esnekliğe sahip olmamalarıdır. Bütün yüzey montajlı ürünlerde olduğu gibi, BGA kılıfın, ısı ile genleşme miktarı ile elektronik devre plaketininin ısı ile genleşme miktarı farklıdı olmasından dolayı, mekanik bükülme gerilimine maruz kalır. Bu süreç, zaman içinde lehimlerde kırılma ve/veya çatlamalar oluşturur.

Isı ile genleşme sorunu, elektronik devre plaketi ile entegre devre kılıfının genleşme katsayısı yakın olan maddelerden yapılmasi ile cözümlenebilir. Genellikle, plastik BGA kılıfların ısı ile genleşme oranları, elektronik devre kartının ısı ile genleşme oranları ile benzeşirler, seramik kılıflı entegre devrelerde bu fark oldukça yüksektir.

Genleşme sonucu meydana gelen mekanik zorlamalar, BGA kılıf ile elektronik devre kartının arasında kalan boşluğa, lehimleme işleminden sonra epoxy reçine karışımı enjekte edilerek çözümlenebilir, bu işleme under fill (altını doldurma) adı verilir. Epoxy reçine BGA kılıf ile elektronik devre kartını sağlam bir şekilde birbirine yapıştırır. Uygulanabilirlik ve ısı transfer özelliklerine bağlı olarak under fill (altını doldurma) işlemi için birden fazla  çeşitte malzeme halen kullanılmaktadır.

Esnek olmayan lehim toplarına bir diğer çare de, lehim topları ile BGA kılıfının arasına üretim esnasında esnek bir tabaka yerlestirmektir. Bu teknik BGA kılıflı DRAM chip üretiminde standart bir uygulama haline gelmiştir.

Pahalıya gelen kontrol mekanizması
BGA montajdaki bir diğer dezavantaj ise, BGA entegre devre bir kez lehim ile montajı yapıldıktan sonra, hataların kontrolünün cok zor olmasıdır. Bu problem X-ışını cihazları ve özel mikroskoplar ile aşılabilir fakat çok pahalıya mal olur. Eğer hatalı montaj yapılmış bir BGA chip bulunursa, kızılötesi ve/veya kontrollu sıcak hava akımı kullanan ısı control cihazları ve vakum ile donatılmış BGA çalışma istasyonu ile chip yerinden çıkartılabilir. Bu işlemle BGA chip yenisi ile değiştirilebilir ya da chip yeniden kullanılmak üzere hazırlanabilir. Lehim topları ile bacak yapılmamış, sökülüp yeniden kullanıma gönderilmiş BGA chiplere, lehim topları ile lehim bacağı yapmak için, ayrıca çeşitli aparatlar ve minik iş istasyonları gerekmektedir.

X-ışını ile BGA kontrol cihazlarının yuksek maliyetleri ayrıca cok ciddi bir sorun oluşturmaktadır.